W kilka dni po wybuchu wojny okolice Bartodziej zostały zbombardowane przez niemieckie lotnictwo. Jeden z pocisków trafił w dom rodziny Bonieckich na Borkach Lisowskich, zabijając sześć osób, w tym troje dzieci. Kilku mieszkańców wsi zostało powołanych do armii i brało udział w kampanii wrześniowej, a po kapitulacji powróciło do swoich rodzin. Przez pierwszy rok okupacji wieś nie odczuwała większych represji ze strony Niemców. Sytuacja zmieniła się w sierpniu 1940 r. Władze okupacyjne zarządziły wysiedlenie 26 wsi leżących na wschód od linii kolejowej Radom - Warszawa oraz na północ od Radomki. We wschodniej części tego obszaru, która została całkowicie wyludniona urządzono poligon artyleryjski. W części zachodniej zorganizowano olbrzymie latyfundium rolne zarządzane przez wojsko. Ośrodkiem tego gospodarstwa był majątek Bartodzieje. W dworze początkowo utworzono pensjonat, w którym wyżsi oficerowie spędzali weekendy. W kolejnych latach dwór zmienił przeznaczenie na wojskowy szpital. Na Bartosach zorganizowano obóz ćwiczebny ze strzelnicami. Na północ od Bartodziej, w lesie bierwieckim wybudowany został obóz - miasteczko (z baraków) o powierzchni 7 km2. Przebywali tam żołnierze różnych legii pomocniczych: Włosi, Francuzi, własowcy.

     Mieszkańcy Bartodziej musieli opuścić swoje domostwa do 15 września 1940 r. Podobnie jak w innych wysiedlanych wsiach całe mienie przechodziło pod zarząd Wehrmachtu. Odszkodowanie płacone przez Niemców było symboliczne i nie było w stanie zapewnić urządzenia się w innym miejscu. Ludność podporządkowała się nakazowi wysiedlenia, mając w pamięci bestialskie podpalenie Gorynia, którego mieszkańcy stawili wcześniej kilkakrotnie opór hitlerowcom. Cześć ludności Bartodziej zamieszkała u krewnych i znajomych w sąsiednich, niewysiedlonych okolicach, a inni, po krótkim pobycie poza wsią, powrócili, korzystając z możliwości zatrudnienia się w gospodarstwie zarządzanym przez Wehrmacht. Robotnicy ci nie mogli pozostać w swoich domach, lecz byli przydzielani do opuszczonych domostw, według uznania zarządcy folwarku. Pewną grupę pracowników stanowili mieszkańcy innych wysiedlonych wiosek i niewysiedlonych miejscowości położonych za Radomką, którzy zajmowali mieszkania bartodziejskich chłopów. Do wsi nie powrócili ci, którzy nie mogli lub nie chcieli pracować "u Niemca" oraz osoby, które obawiały się represji, gdyż weszły w konflikt z władzą okupacyjną.